提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
山东省政协十三届一次会议闭幕******
中新网济南1月17日电 (李明芮)山东省政协十三届一次会议17日在济南闭幕,圆满完成各项议程。会议期间,全体委员围绕强省建设的重大问题和民众关心的热点难点问题,通过提出提案、社情民意信息、大会发言等形式,提出意见建议3000余条,到会委员履职率达到100%。
在当天举行的山东省政协十三届一次会议新闻发布会上,山东省政协秘书长秦传滨介绍,截至2023年1月13日18时,大会共收到提案829件。经提案审查委员会审查,立案751件,未立案78件。提案审查委员会按照经济、政治、文化、社会、生态文明建设对提案进行分类审查。
山东省政协十三届一次会议新闻发布会。 李明芮 摄“总体看,这些提案内容丰富,涉及领域广泛,既有事关全省经济发展的大事、产业转型的难事,也有事关群众切身利益的实事,展现了新一届政协委员强烈的政治责任感和历史使命感。”秦传滨称,立案提案中,经济建设方面提案299件、政治建设方面提案34件、文化建设方面提案65件、社会建设方面提案303件、生态文明建设方面提案50件。
此外,据秦传滨介绍,由于提前开展提案征集和培训工作,提案质量不断提高,集体提案数量增加,大多数提案选题准、调研深、情况明、分析透、建议实,意见建议既考虑到民众的愿望和诉求,又兼顾到实施的条件和时机,具有较强的前瞻性、针对性和可行性。涉及民众关心关注的教育、医疗、养老、就业、社保等民生方面的监督性提案数量增多。议题相对集中,提案重点围绕动能转换创新驱动、共同富裕民生改善、文化强省“两创”建设、绿色转型低碳发展、风险防控治理创新等提出建议。委员通过提案履职积极性不断提高,提出提案的委员530人,占委员总数的61.2%;以第一提案者名义提出提案的委员462人,参与联名提案的委员159人。
山东省政协主席葛慧君在当天闭幕式上表示,2023年山东政协要切实扛起服务中心大局的责任担当,把助力“走在前、开新局”作为履职主线,紧扣建设绿色低碳高质量发展先行区这个总抓手,聚焦聚力高质量发展首要任务,围绕山东省委部署的目标任务,深入调查研究,精准建言资政,在融入大局、服务大局中提升履职质量、彰显政协价值、释放制度效能。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |